O terminal de passageiros do Aeroporto Internacional de Fortaleza é totalmente climatizado e dividido em quatro pisos. O projeto arquitetônico de Expedito Deusdará, com concepção de um formato de avião 14 Bis. No subsolo, encontra-se o estacionamento de veículos com capacidade para 848 vagas e ponto de ônibus urbano.
No primeiro piso estão 31 balcões de check-in, as lojas das companhias aéreas, locadoras de automóveis, informações turísticas, Juizado de Menores, Balcão de Informações, desembarque de passageiros e o acesso aos dois postos de táxis. Em homenagem ao cearense Euclides Pinto Martins, piloto que realizou o primeiro vôo sobre o Oceano Atlântico entre Nova Iorque e o Rio de Janeiro, no início da década de 1920, a bordo do hidroavião Sampaio Correia foi colocado um busto em sua homenagem entre os elevadores que dão acesso ao Mirante e ao térreo. Ainda no primeiro piso, próximo à Praça de Alimentação, fica o Mural Terra da Luz que retrata os aspectos históricos e culturais do Estado do Ceará, sua natureza diversificada, a formação do seu povo e das suas muitas culturas. Na cadência delicada das mãos do artista Mino, surge nossa história contada de forma harmonizada, mostrando o que fomos no passado para compreender melhor quem somos.
No segundo piso estão os estabelecimentos comerciais, Agência Nacional de Aviação Civil e Agência Nacional de Vigilância Sanitária (Anac e Anvisa) Ministério da Agricultura, praça de alimentação e as salas de embarque doméstico e internacional. No último andar fica o Mirante - de onde se descortina uma visão do pátio de manobras e da cidade de Fortaleza.
O pátio de manobras tem 152.857 m² e permite acomodar simultaneamente 14 aeronaves em posições pré-estabelecidas.
Operam regularmente em Fortaleza as companhias aéreas Transportes Aéreos Cabo Verde (TACV), GOL, Ocean Air, AZUL, TAM, Varig, Webjet e TAP. O aeroporto recebe com frequência voos fretados nacionais e internacionais.
O terminal de passageiros, inaugurado em 1998, terá uma vida útil de no mínimo 50 anos. O antigo terminal de passageiros, denominado Terminal de Aviação Geral, é hoje utilizado para aviação geral e pela Seção Contra Incêndio.
Em 2009 entrou em funcionamento o Terminal de Cargas em uma área de aproximadamente 9 mil m² e um pátio para atendimento de até sete aeronaves de grande porte. A capacidade de armazenamento e manuseio de cargas é de 60 mil toneladas ao ano.
